Автоматика CZ 38 работает по принципу использования энергии отдачи свободного затвора при неподвижном стволе, что обусловило, несмотря на внушительные массу и габариты пистолета, использование слабомощного патрона.
Существенным недостатком этого оружия является слишком тугой механизм самовзвода, а это отрицательно сказывается на точности стрельбы.
К достоинствам CZ 38 можно отнести простоту разборки оружия для чистки и обслуживания. Пистолет состоит всего из 45 деталей, для его разборки необходимо при помощи специальной защелки на затворе-кожухе освободить ствол, прикрепленный к рамке у дульного среза шарниром. После этого ствол можно приподнять, сдвинуть назад и снять с него затвор-кожух, а затем вынуть из пазов подвижную пластину в боковой части рамки, которая открывает доступ к ударно-спусковому механизму.
Стрельба из пистолета ведется только самовзводом для каждого выстрела. Спусковой механизм обеспечивает стрельбу одиночными выстрелами, при этом используются 9 мм укороченные патроны. Экстракция стреляной гильзы производится вверх через окно в затворе-кожухе. Питание патронами осуществляется из коробчатого магазина емкостью 8 патронов. Магазин вставляется в рукоятку и удерживается защелкой. После использования последнего патрона затвор остается в открытом положении и закрывается лишь после удаления пустого магазина.
Пистолет снабжен постоянным прицелом открытого типа и внешним курком. При осечке стрелок может повторно нажать на спуск, не открывая затвора.
Пистолет не имеет внешнего предохранителя, который конструктор посчитал излишним.