Магазинная винтовка СВ-99 оснащена затвором прямолинейного движения без поворота. Запирание канала ствола обеспечивается выстраиванием на одной оси всех деталей затворной группы, при этом маломощный импульс отдачи при выстреле не преодолевает силы рычажного закрытия затвора.
Оружие оснащено коротким холоднокованным стволом. Канал ствола с шестью правыми нарезами не хромирован, что повышает точность стрельбы, но снижает живучесть. Глушитель навинчивается на резьбу в дульной части ствола. При его отсутствии наворачивается втулка.
Боепитание осуществляется из отъемного коробчатого магазина на пять патронов. Однорядный магазин выполнен из пластика и полностью скрыт в пазу ложа. Два запасных магазина размещаются внутри приклада винтовки. Усилие спускового крючка регулируется. В пазу, расположенном на передней части скобы спускового крючка, имеется флажковый предохранитель.
Оружие комплектуется оптическим прицелом ПО 6-42. Механические прицельные приспособления отсутствуют.
Приклад спортивного типа имеет регулируемые по высоте подушку и затыльник, вместо приклада можно присоединять деревянную пистолетную рукоятку. Цевье, достигающее около 3/4 длины ствола, подготовлено для установки регулируемых сошек.
В разобранном виде винтовка помещается в дипломат средних размеров.