Винтовка М 99, имеющая компоновку «булл-пап», является однозарядным оружием с поворотным продольно скользящим затвором, запирающим ствол тремя боевыми выступами. Извлечение стреляной гильзы осуществляется автоматически при открывании затвора. Перед каждым выстрелом необходимо вручную вкладывать новый патрон в патронник.
Винтовки М 99 имеют целый ряд существенных отличий от более ранних винтовок М 90. Кроме отсутствия магазина, это удлиненный ствол. Алюминиевая ствольная коробка М 99 выполнена цельной, в отличие от М 82, коробка которой изготавливается из двух половин, штампованных из стали.
Универсальная направляющая типа «Picatinny rail» для установки оптики выполнена как часть ствольной коробки. Открытых прицельных приспособлений винтовка М 99 не имеет. Также несколько изменена конструкция запирающих упоров затвора М 99.
Тяжелый ствол имеет продольные канавки дляоблегчения ствола. Затыльник приклада оснащен амортизатором, выполненным из специального синтетического материала. Винтовка предназначена для стрельбы с упора, для чего имеет съемные регулируемые по высоте складные сошки. Импульс отдачи гасится коротким ходом ствола и затвора.