Механизмы автоматики противотанкового ружья MSS 41 работают за счет использования энергии отдачи ствола при его коротком ходе. Благодаря наличию весьма эффективного дульного тормоза и тому, что значительную часть энергии отдачи ружья во время выстрела использует его автоматика, сама отдача не слишком сильная.
Конструктивно ружье выполнено по ставшей весьма популярной в конце ХХ в. схеме «булл-пап». Для такой компоновки характерны вынос спускового крючка перед магазином и своеобразная конфигурация ствольной коробки, выполняющей одновременно и функцию приклада.
Использование этой схемы позволило создать довольно компактное оружие: при длине ствола на 24 мм меньшей, чем у PzB 39, общая длина ружья MSS 41 меньше, чем длина PzB 39, на 386 мм и составляет 1195 мм, что даже меньше длины стандартной винтовки Маузера обр. 1898 г.
Боепитание MSS 41 осуществляется из коробчатого сменного магазина объемом 10 патронов, вставляющегося снизу. В качестве боеприпасов используются 7,92 мм немецкие бронебойные патроны Р 318 обр. 1941 г. Магазин вставляется в приемную горловину, расположенную сзади пистолетной рукоятки.
Ружье снабжено двуногой сошкой и дополнительной откидной накладкой плечевого упора. ПТР может переноситься на плечевом ремне, для крепления которого имеются соответствующие петли.
Вес ружья и поворотная рукоятка, установленная на его стволе, допускают переноску оружия одним человеком.
