В середине сентября 1941 г. немецко-румынские войска вышли к Перекопу, создав непосредственную угрозу вторжения в Крым. Для захвата Крымского полуострова германское командование выделило 11 -ю армию под командованием генерал-полковника Э. Манштейна, которая к этому времени сосредоточилась в северной части Херсонской области.
Оборона Крыма была возложена на 51-ю Отдельную и Приморскую армии, Черноморский флот и Азовскую флотилию. В составе 51-й армии под командованием генерал-полковника Ф. Кузнецова, сформированной только в августе 1941 г., были еще малообученные бойцы и не имевшие боевого опыта офицеры. Кроме того, размещение войск по всей территории Крымского полуострова не позволило создать мощную группировку на перекопском направлении, где была наибольшая вероятность неприятельского удара.
Прорыв через Перекоп
18 октября 11-я немецкая армия перешла в наступление и нанесла основной удар через Перекопский перешеек при поддержке румынского горного корпуса, который начал наступление через Чонгарский мост. Главный удар приняли на себя части 51-й армии, так как Приморская армия (командующий генерал-майор И. Петров) к этому времени еще не успела развернуться на назначенных ей рубежах. Ее части, прибывавшие из Одессы, вступали в бой буквально с ходу.
22 октября германские части потеснили защитников крымского полуострова и вышли к реке Чатырлык — последнему рубежу Ишуньских позиций. В этих условиях Ставка произвела реорганизацию сил в Крыму и подчинила все имеющиеся на полуострове войска единому командованию. 23 октября командующим войсками Крыма был назначен вице-адмирал Г. Левченко. Однако к этому времени немецко-румынские войска практически прорвали советскую оборону.
Захват Керченского полуострова
29 октября мобильные подразделения вермахта прорвались на степные просторы Крыма, где до горной полосы южного побережья не было никаких естественных рубежей, на которых можно было бы их остановить. Под натиском противника Приморская армия получила приказ отступить к Севастополю, а 51-я Отдельная армия — к Керчи. Отступая с тяжелыми боями на Керченский полуостров, 51-я армия пыталась задержать противника сначала на Ак-Монайских позициях, а затем у Керчи на рубеже Турецкого вала. Не имея возможности задержать стремительное наступление немцев, 51-я армия по приказу Верховного Главнокомандования оставила Керченский полуостров. В ночь на 16 ноября под прикрытием Азовской флотилии она была переправлена на Таманский полуостров.
Оборона Севастополя
30 октября 1941 г. германские войска под командованием генерал-полковника Э. Манштейна начали наступление на Севастополь, чтобы с ходу овладеть главным военно-морским портом на Черном море. Но эта попытка была сорвана героическим сопротивлением советских войск. Активные боевые действия на подступах к городу продолжались до 9 ноября, и за это время немцам удалось лишь несколько продвинуться в направлении Черкез-Кермена и Дуванкоя.
Убедившись в том, что захватить Севастополь с ходу невозможно, Манштейн принял решение организовать планомерную осаду города. 11 ноября немецкие войска начали первый штурм Севастополя. По данным немецкого командования, в нем принимали участие 4 пехотные дивизии, около 150 танков и более 300 самолетов. Эти силы нанесли несколько мощных ударов в направлении Балаклавы, но, понеся большие потери, были вынуждены остановить наступление.
Второй и третий штурм
17 ноября была предпринята очередная попытка овладеть городом. Однако и на этот раз цель не была достигнута. Большую роль в срыве 16-суточного наступления немецких войск сыграла Керченско-Феодосийская десантная операция, проведенная 26 декабря 1941 г. Эта операция вынудила противника на пять с лишним месяцев отказаться от активных действий на севастопольском направлении.
7 июня 1942 г. немецко-румынские войска начали новое наступление на город, направив основные усилия на участок Камышлы—Бельбек и стремясь выйти к восточной оконечности Севастопольской бухты. Несмотря на ожесточенные атаки, продолжавшиеся в течение 11 суток, противнику не удалось достигнуть желаемых результатов. Однако 18 июня он сумел прорваться к Севастопольской бухте с севера. Защитники Севастополя, поддерживаемые морской артиллерией, стойко обороняли побережье бухты и лишь 23 июня отошли на ее южный берег. 29 июня передовые части армии Манштейна ворвались в город. 30 июня завязались упорные бои на Малаховом кургане. К 1 июля немцам удалось заблокировать все побережье. Только небольшая часть обороняющихся смогла эвакуироваться на катерах и небольших судах. Оставшиеся защитники Севастополя героически сражались до 4 июля.