До 1939 года в соответствии с договорами между Финляндией и СССР Ладожское озеро было демилитаризованным – сторонам запрещалось иметь здесь военные корабли.
Накануне войны с Финляндией советская сторона начала подготовку к развертыванию на Ладожском озере своих кораблей, а в октябре 1939 года официально сформировала Ладожскую военную флотилию. Ее главной базой был Шлиссельбург. В состав флотилии вошли канонерская лодка, два сторожевых корабля, 7 тральщиков, 12 сторожевых катеров, отдельная авиационная эскадрилья из 13 самолетов МБР-2.
В ноябре 1939 года флотилия обеспечивала войсковые перевозки, пыталась бороться с вражескими судами и береговыми батареями. С января 1940 года, когда озеро сковал лед, активность флотилии свелась практически к нулю. В ноябре 1940 года флотилию переформировали в учебную базу.
ВТОРОЕ ФОРМИРОВАНИЕ
25 июня 1941 года, сразу после вступления Финляндии в войну против СССР, Ладожская флотилия была воссоздана, войдя в состав Балтийского флота. Основу ее составили шесть канонерских лодок – мобилизованных грунтоотвозных шаланд, получивших 130-мм орудия и зенитную артиллерию. Кроме того, в состав флотилии вошли два сторожевых корабля, два бронекатера, восемь сторожевых катеров и 13 тральщиков (последние – также из числа мобилизованных гражданских судов). В последующем состав флотилии значительно возрос, а в ее составе появились даже малые подводные лодки. Главная база флотилии сначала располагалась в Сортанлахти. По мере продвижения противника она переносилась в Шлиссельбург (с 28 августа) и Новую Ладогу (с 8 сентября).
БОИ 1941-ГО
В июле 1941 года флотилия, пытаясь остановить продвижение противника, высадила несколько десантов на острова Ладожского озера. Суда флотилии постоянно поддерживали огнем войска, отступавшие по берегам озера, а также обеспечили эвакуацию стрелковых дивизий, прижатых противником к берегу.
8 сентября противник занял Шлиссельбург, замкнув кольцо вокруг Ленинграда. С целью деблокирования города была организована операция, в которой принимала участие и Ладожская флотилия. С 19 по 26 сентября в районе Шлиссельбурга с кораблей предпринимались попытки высадки десантов, задача которых состояла в продвижении навстречу войскам 54-й армии, наносившей главный удар для прорыва блокады. Десантная операция оказалась неудачной – десант погиб практически в полном составе. Деблокировать город не удалось. Флотилия понесла потери в кораблях.
ПОДДЕРЖИВАЯ ЛЕНИНГРАД
До конца ноября корабли флотилии, пробиваясь через лед, продолжали снабжение Ленинграда и эвакуацию населения. За осень водным путем в Ленинград было доставлено 60 тыс. т груза, в том числе 45 тыс. т продовольствия. Было эвакуировано около 33,5 тыс. жителей. После того как лед установился окончательно, военнослужащие Ладожской флотилии участвовали в разведке маршрута, оборудовании и обслуживании автомобильной дороги через Ладогу, которая впоследствии получила название «Дорога жизни». Начавшаяся с апреля 1942 года новая навигация по результатам существенно превзошла предыдущую – в Ленинград было доставлено более 790 тыс. т различных грузов, в том числе 353 тыс. т продуктов. Флотилия эвакуировала более полумиллиона человек и вывезла около 310 тыс. т промышленного оборудования и имущества.
Основным противником Ладожской флотилии была вражеская авиация, но летом 1942 года на озере появились немецкие и финские корабли, а также несколько итальянских торпедных катеров. 23 октября состоялся бой за остров Сухо (в 37 км от Новой Ладоги), где противник попытался высадить десант. Гарнизон острова при поддержке кораблей Ладожской флотилии смог отбить противника, уничтожив 16 десантных судов. Противник, не добившись цели, понес серьезные потери. Боевые возможности его флотилии и моральный дух существенно снизились, снизилась и опасность для перевозок. Прорыв блокады Ленинграда, завершившийся 18 января 1943 года, несмотря на свое огромное военное и политическое значение на первых порах мало что изменил в деятельности Ладожской флотилии. По-прежнему продолжались перевозки грузов по ледовой дороге, а с апреля – водным путем. Кроме того, флотилия продолжала оказывать поддержку советским войскам, сражающимся у Ладоги. В январе 1944 года Ленинград был полностью деблокирован. Перевозки по Ладожскому озеру прекратились, но Ладожская флотилия продолжала боевую работу всю навигацию 1944 года. Проводилось траление мин, борьба с авиацией противника, наносились удары по прибрежным базам, велась разведка на территории, занятой противником. Последней крупной операцией, в которой участвовала флотилия, стала Свирско-Петрозаводская (21 июня – 9 августа 1944 года). Корабли флотилии обеспечили переправу войск через реку Свирь, а также провели Тулоксинскую десантную операцию. После подписания перемирия с Финляндией Ладожское озеро оказалось целиком в пределах СССР. 4 ноября 1944 года Ладожскую флотилию расформировали, а ее корабли перевели на Балтику.