Курок в пистолете отсутствует, воспламенение осуществляется с помощью ударника. Это в значительной степени снижает шанс того, что одна из деталей зацепится за одежду при извлечении пистолета.
Одной из главных особенностей пистолета P 99 является отсутствие в его конструкции внешних предохранителей, все предохранители спрятаны под кожух пистолета.
Сверху на задней части затвора размещена кнопка, нажатием на которую можно снять ударник с боевого взвода, а в затворе размещен подпружиненный плунжер, который блокирует движение ударника вперед, предотвращая удар по капсюлю (например, во время падения пистолета). Только когда спусковой крючок нажат до конца, плунжер уходит вверх и освобождает путь для ударника. Кроме этого, имеются блокировка ударника при незакрытом затворе и автоматический предохранитель на спусковом крючке.
Пистолет имеет ударно-спусковой механизм двойного действия. Первый выстрел производится в режиме так называемого самовзвода, а все последующие — при значительно меньшем усилии на спусковой крючок. В конце хода спускового крючка спусковая тяга перемещается вниз, освобождая ударник, который движется вперед и инициирует воспламенение капсюля. Для того чтобы произвести второй выстрел, спусковой крючок необходимо отпустить примерно на 2 мм.
Пистолет может быть переведен в пассивный режим нажатием на металлическую кнопку, расположенную на левой стороне затвора непосредственно перед целиком. Она обеспечивает снятие ударника с боевого взвода. Ударник можно взвести, оттянув затвор на 8–10 мм. Задний конец ударника помечен красной краской и во взведенном положении виден в отверстии, расположенном в задней части затвора.
Когда патрон находится в патроннике, задний конец выбрасывателя поворачивается наружу и на затворе появляется продолговатая красная метка-индикатор. Рамка пистолета выполнена из полимерных материалов, армированных стекловолокном, и имеет черный или темно-зеленый (в армейском варианте) цвет.
Пистолет оснащен достаточно большой спусковой скобой, что позволяет стрелять в перчатках. Рукоятка оружия выглядит несколько авангардно и имеет привлекательный, но совершенно бесполезный для стрелка изгиб.
Задняя часть рукоятки съемная, в комплекте с пистолетом поставляются 3 взаимозаменяемых задних части разного размера — для подгонки под руку каждого конкретного стрелка. Кроме того, в заднюю часть рукоятки встроен демпфер отдачи.

Тактико-технические характеристики пистолета «Walther» P 99
На передней части рамки под стволом размещены направляющие для крепления лазерного целеуказателя или фонаря.
Удлиненная плоская мушка и открытый целик с квадратной прорезью изготовлены из пластмассы и имеют оригинальную конструкцию. Они несколько наклонены вперед, чтобы предотвратить цепляние за кобуру при извлечении пистолета.