Самозарядная винтовка MSG 90 конструктивно во многом повторяет свою предшественницу — винтовку PSG 1. Винтовка оснащена свободно-вывешенным холоднокованым стволом с четырьмя полигональными нарезами. Стволы для модели А 1 производятся из стволов PSG 1 обточкой до нужной длины. Корпус ударно-спускового механизма у MSG 90 изготавливается из пластика вместе с пистолетной рукояткой, из конструкции которой исключена «пятка». Новая модель также получила измененное пластмассовое облегченное ложе.
Одна и самых полезных особенностей MSG 90 — универсальная система крепления прицела, позволяющая устанавливать различные оптические приборы кратности до 10×, обеспечивающие эффективную дальность стрельбы до 1000 м. На две опоры, приваренные сверху к ствольной коробке винтовки, установлена легкая направляющая для крепления прицела, на которой путем поворота рычага за считанные секунды можно укрепить или снять прицел.
В отличие от PSG 1, на MSG 90 установлены симметричные двухсторонние рычаги предохранителя и отделения магазина, облегчающие использование винтовки как для стрелка-левши, так и для правши (последний может оперировать этими рычагами без изменения положения).
Ударно-спусковой механизм обеспечивает высокую надежность — выстрела не происходит даже при падении снятой с предохранителя винтовки с высоты 2 м.
Вариант MSG 90 А 1 получил механические прицельные приспособления от пулемета НК 21: мушку в кольцевом намушнике и регулируемый прицел, рассчитанный на дальность от 100 до 1200 м. На дульной части ствола нарезана резьба для установки компенсатора, глушителя звука или пламегасителя. Также на корпус винтовки позади окна для выброса гильз стал устанавливаться отражатель гильз, обеспечивающий возможность ведения огня с левого плеча.
Модификация MSG 90 A 1 получила вновь измененную конструкцию приклада с регулируемыми тыльным амортизатором и упором для щеки. Также появилась возможность быстрого восстановления начальной настройки этих упоров.