Магазинная винтовка «Type 99» сконструирована на базе системы Маузера с цилиндрическим затвором и встроенным магазином на 5 патронов, вставляемых в магазин в обойме. Она оснащена скользящим поворотным затвором Маузера с тремя запирающими упорами.
Главная особенность оружия — новый патрон калибра 7,7 мм с остроконечной пулей массой 11,5 г. Масса всего патрона — 24,9–25,5 г, масса порохового заряда — 2,5 г.
Прицел рамочный, но прорези на нем, характерные для «Arisaka» обр. 1908 г., заменены отверстиями, кроме того, добавлены откидные визиры для прицеливания при стрельбе по самолетам. На прицеле сделаны две маркировки для упреждения при стрельбе. Маркировка на внешней стороне предназначена для пролетающих мимо целей, а на внутренней — для целей, движущихся в направлении стрелка под углом.
Под стволом закреплен упор для стрельбы, изготовленный из прочной профилированной проволоки. Он может откидываться, но в разложенном положении не фиксируется. Такой упор должен был, по первоначальным планам, устанавливаться на все винтовки, однако во время войны это условие не выполнялось.
