Компоновка механизмов винтовки выполнена по схеме «булл-пап», при которой ударно-спусковой механизм, подвижные детали автоматики и магазин располагаются в передней части приклада за пистолетной рукояткой.
Автоматика WA 2000 действует за счет использования энергии пороховых газов, отводимых из канала ствола. Запирание ствола при выстреле осуществляется на 7 боевых упоров при повороте затвора. Рукоятка взвода затвора расположена с правой стороны ствольной коробки. Над спусковым крючком находится предохранитель, его ход всего около 2 мм.
Ударно-спусковой механизм для удобства отладки и регулировки выполнен на отдельном основании и позволяет вести огонь только одиночными выстрелами.
С правой стороны расположена крупная кнопка затворной задержки. После израсходования всех патронов из магазина затвор останавливается в крайнем заднем положении, что служит сигналом для стрелка о необходимости сменить магазин.
Питание патронами осуществляется из однорядного магазина, рассчитанного на пять или шесть патронов в зависимости от калибра. Устройство магазина обеспечивает надежную защиту пули от повреждений при снаряжении магазина, досылании патрона в патронник и транспортировке оружия, так как даже малейшее механическое повреждение пули может изменить ее аэродинамические свойства.
Ствол жестко крепится к ствольной коробке резьбовой муфтой, а также жестко скреплен со стальной рамой спереди и сзади, чтобы при выстреле его не уводило в сторону от выбранной цели. В передней части ствол не касается цевья. Дульный тормоз обеспечивает снижение отдачи на 50%.
Продольные пазы, выфрезерованные по всей длине ствола, улучшают отвод тепла и позволяют несколько снизить вес всей конструкции.
В базовую комплектацию WA 2000 входят оптические прицелы кратности от 2,5 до 10, поставляемые фирмой «Schmidt & Bender», однако верхнее крепление оптики типа «ласточкин хвост» позволяет использовать и другие типы прицелов.
Поворотный узел сошки может перемещаться по специальной шине, расположенной над стволом. Винтовка как бы висит под узлом крепления сошек, что положительно сказывается на удобстве прицеливания.
Все деревянные элементы изготовлены из орехового дерева и легко снимаются для подгонки под стрелка.
Затыльник плечевого упора регулируется по высоте.