После распада СССР в конце 1991 года в Таджикистане начался вооруженный межклановый внутриэтнический конфликт между сторонниками центральных органов власти и различными группировками в лице Объединенной таджикской оппозиции.
В Таджикистане центробежные силы накануне и во время распада СССР проявили себя не так активно, как в других республиках. Более того, руководство Таджикистана выступало против распада Союза. Причинами кризиса в республике можно назвать тяжелое экономическое положение, сложившееся к тому времени в республике, экологическая катастрофа (как следствие монокультуры хлопка), региональное клановое мировоззрение, нашедшее свое выражение в острой борьбе между Севером и Югом Таджикистана, высокая степень религиозности населения, быстрое развитие в связи с этим исламских партий и движений, претендующих на обладание политической властью, ожесточенная борьба между бывшей коммунистической элитой и национально-демократическими и исламскими силами. Определенную роль сыграли и внешние факторы: установление режима талибов в соседнем Афганистане, открытое вмешательство Узбекистана во внутренние дела Таджикистана, соперничество США и Ирана за влияние в этой стране, финансовая помощь ваххабитам со стороны исламского мира.
НАЧАЛО КОНФЛИКТА
Своеобразной прелюдией к будущей войне стали массовые беспорядки в Душанбе в феврале 1990 года с требованиями отставки Первого Секретаря ЦК Компартии Таджикской ССР Кахара Макхамова, который в ноябре того же года был избран первым президентом Таджикистана. Возле здания ЦК КП Таджикистана собралось несколько тысяч человек манифестантов. Демонстранты проникли в здание Компартии, в ответ милиция открыла огонь. Толпа начала громить магазины и ларьки в черте города.
Позже беспорядки переросли в массовые погромы и акты насилия над русскими, немцами, татарами, евреями, корейцами.
13 февраля в Душанбе прекратили работу городской транспорт, государственные и общественные учреждения. Городское население стихийно создало отряды самообороны, в город были введены 5 тыс. сотрудников МВД с приказом открывать огонь на поражение. В результате беспорядков погибло 25 человек, ранения получило более 500.
ГРАЖДАНСКАЯ ВОЙНА
После провала путча ГКЧП в августе 1991 года оппозицией были организованы массовые митинги с требованиями отставки К. Макхамова, поддержавшего путчистов, роспуска Коммунистической партии и отмены закона о запрещении Исламской партии возрождения. Спустя некоторое время Макхамов подал в отставку. 24 ноября 1991 года на президентских выборах в Таджикистане победил Рахмон Набиев, «ленинанбадец».
Оппозиция в лице Демократической партии Таджикистана, Партии исламского возрождения, движения «Растохез» и мусульманского духовенства обвинила власти в фальсификации выборов.
В апреле 1992 года было арестовано несколько видных деятелей оппозиции. В Душанбе вспыхнули митинги, участниками которых стало до 60 тыс. человек со стороны оппозиции. Сторонники правительства устроили ответный митинг в столице Таджикистана. Эти события показали раскол в обществе по клановому принципу. Вскоре стороны стали создавать вооруженные отряды. 5 мая к югу от Душанбе на Яванской дороге произошли первые вооруженные столкновения. В Душанбе начались бои, в результате которых сторонники оппозиции захватили телецентр, транспортные магистрали, аэропорт и вокзал. На их сторону перешли местная милиция и ОМОН. 10 мая сторонники оппозиции двинулись к зданию КГБ, где предположительно скрывался президент. По ним был открыт огонь, погибло 14 человек. После этого начался новый митинг. На следующий день в результате этих событий было сформировано новое Правительство национального примирения, ключевые посты в котором заняли оппозиционеры.
В июне 1992 года военные действия переместились из Душанбе в южные регионы Таджикистана. 19 июня представителями исламско-демократической оппозиции был создан Штаб национального спасения, который организовал силы в поддержку своих партий. Вооруженные столкновения продолжались до 27 июля, когда противоборствующими сторонами было подписано соглашение о прекращении огня со следующего дня. Однако данное соглашение было в скором времени нарушено. Сторонники правительства кулябского происхождения вступили в бой с оппозиционерами гармского происхождения у кишлака Сари-Пул.
24 августа в результате покушения был убит генеральный прокурор Таджикистана, ленинабадец по происхождению. Это вызвало волну митингов на родине убитого, в Ленинабаде, а также в Кулябе. Митингующие резко осуждали правительство национального примирения. 31 августа участники оппозиционного движения «Молодежь Душанбе» совместно с беженцами из Курган-Тюбе и Куляба захватили резиденцию президента Набиева, однако последний успел скрыться в гарнизоне 201-й дивизии ОВС СНГ.
Боевые действия в различных районах Таджикистана продолжались и в последующие годы. С апреля 1994 года по май 1997 года под эгидой ООН прошло восемь раундов переговоров между враждующими сторонами. 27 июня 1997 года на девятой по счету встрече в Кремле между руководством Таджикистана и представителями объединенной оппозиции Таджикистана было подписано окончательное мирное соглашение. Президентом Таджикистана остался сторонник светского правления Э. Рахмонов, представители оппозиции получили места в правительстве республики и заняли ряд ключевых постов на производственных объектах. Вооруженные формирования оппозиционеров интегрировались в состав вооруженных сил Таджикистана.