1943 г. стал критическим в битве за Атлантику. Союзники перешли в наступление. В этот период произошел качественный и количественный рост противолодочных сил и средств во флотах стран антигитлеровской коалиции. Союзниками были расшифрованы коды радиосвязи немецких подводных лодок, разработаны радары нового типа. Ускоренными темпами шло массовое строительство эскортных кораблей и авианосцев. Для поиска подводных лодок командование Союзников выделяло все больше авиации. Как следствие произошло сокращение потерь в тоннаже транспортных судов, и значительно увеличились потери немецкого подводного флота. Союзники не только смогли защитить важные для них коммуникации, но и регулярно атаковали базы немецких подводных лодок.
К началу 1943 г. Союзниками были созданы новые типы самолетов с большим радиусом действия, а также новые радиолокаторы. С апреля 1943 г. в Атлантике начали действовать американские и британские ударные противолодочные группы. Кроме того, после выхода из войны Италии в конце июля 1943 г., Германия потеряла все свои базы в Средиземном море.
Последняя попытка боевого применения крупных немецких надводных кораблей закончилась потерей линкора «Шарнхорст». Это произошло 25 декабря 1943 г. у мыса Нордкап на севере Норвегии. После неудачной попытки найти конвой противника, линкор «Шарнхорст» при возвращении в Норвегию был перехвачен британским линкором «Дюк оф Йорк» и эсминцами, и после короткого боя потоплен. Ни один транспорт конвоя Союзников не был потоплен.
К концу 1943 г. немецкий подводный флот терял уже по одной подводной лодке на каждое потопленное судно Союзников, а с конца весны 1944 г. антигитлеровская коалиция установила полное господство на коммуникациях в Атлантике.
Высадка в Нормандии 6 июня 1944 г. Войск Союзников и открытие нового фронта в Западной Европе привели к тому, что Германия вскоре лишилась всех своих баз на Атлантическом побережье Франции. Немецкий военно-морской флот был полностью лишен поддержки авиации, а его надводные корабли были уничтожены на военных базах.
В марте 1945 г. в Атлантику вышла последняя специальная группа из 6 немецких подводных лодок, но в результате столкновения с военно-морским флотом и авиацией США были уничтожены 5 из 6 подводных лодок.
Стремление подводного флота Германии уничтожить как можно больше транспортных судов противника вело к тому, что подводные лодки действовали в основном там, где охрана коммуникаций была слабой. При этом наиболее важные грузы перевозились под усиленным охранением и поэтому были в безопасности. Хотя подводным силам Германии удалось в ходе войны потопить в Атлантике большое количество транспортов союзников, но нанести решающий ущерб стратегическим перевозкам Великобритании и США они не смогли.
После потери передовых, а затем и некоторых основных военно-морских баз, Германия лишилась выгодных условий для боевых действий на море. К концу войны промышленность США и Великобритании строила новые транспортные суда и боевые корабли быстрее, чем союзники несли потери. В итоге Германия потерпела поражение в битве за Атлантику.