Как и снайперская винтовка СВ-98, винтовка СВ-99 разработана конструкторами производственного объединения «ИжМаш». При этом, в отличие от СВ-98, предназначенной прежде всего для вооружения армейских снайперов, СВ-99 можно условно отнести к снайперскому оружию штурмовых групп спецназа полиции, ФСБ и внутренних войск МВД Российской Федерации, ведущих боевые действия в условиях плотной городской застройки. Это обусловило выбор боеприпаса для винтовки — в ней используется 5,6-мм патрон кольцевого воспламенения (.22 LR). Дальность эффективного огня этим патроном не превышает 100 м, однако небольшая дальность и малое поражающее действие пули малокалиберного патрона компенсируются высокой точностью стрельбы. Немаловажным фактором является также то обстоятельство, что стрельба данным патроном практически не дает рикошетов, что исключает поражение лиц, случайно оказавшихся на месте проведения спецоперации.
При разработке СВ-99 в качестве прототипа взята винтовка БИ-7, обычно использующаяся в соревнованиях по биатлону.
Как и прототип, СВ-99 выполнена по классической компоновочной схеме. Винтовка не имеет механизмов автоматического перезаряжания. Она снабжена оригинальным продольно-скользящим затвором с шарнирно-рычажным запиранием.
Применение такого затвора позволяет вести стрельбу в весьма быстром темпе, не изменяя изготовки стрелка.
Питание производится из отъемных пластмассовых коробчатых магазинов емкостью 5 патронов. Благодаря компактным размерам присоединенный магазин не выступает за контур ложи.
Ствол дли ной 350 мм изготавливается с использованием технологии холодной ковки. В его канале выполнено 6 правосторонних нарезов с шагом 420 мм. В целях обеспечения высокой кучности стрельбы канал ствола и патронник не подвергаются хромированию.
На дульной части ствола сделана резьба для крепления компактного глушителя звука выстрела. Глушитель длиной 150 мм снижает уровень звука выстрела до сравнимого с выстрелом из пневматической винтовки. Открытые механические прицельные приспособления отсутствуют. На верхней части ствольной коробки имеется крепление типа «ласточкин хвост» для установки оптического прицела ПО 6-42.
Винтовка обеспечивает весьма высокую кучность стрельбы: на расстоянии 100 м группа из 10 пуль укладывается в круг диаметром 22 мм, в то время как стандартами НАТО поперечник рассеивания при стрельбе на эту дальность ограничивается величиной 29 мм.